HEURÍSTICA HÍBRIDA PARA O PROBLEMA DA
PREDIÇÃO DA ESTRUTURA DE PROTEÍNAS UTILIZANDO O MODELO HIDROFÓBICO-POLAR
Autor(es):
Rabelo, Francisco Flávio de Assunção
Palavras Chaves:
Não informado
Ano de Publicação:
2013
Resumo:
O problema da predição da estrutura de proteínas utilizando o modelo Hidrofóbico-Polar pode ser definido como: dada uma sequência de aminoácidos hidrofóbicos e polares, encontrar uma conformação com o maior número de contatos hidrofóbicos entre vizinhos topológicos. Esse problema pertence à classe de problemas NP-completo e diversas abordagens têm sido propostas. Neste trabalho, apresentamos uma heurística GRASP híbrida para o problema em questão. O problema é abordado como um problema de otimização combinatória e uma formulação é proposta. A heurística foi testada com várias instâncias de referências e os resultados mostram que o método proposto apresenta desempenho semelhante ao de outros métodos disponíveis na literatura. Palavras-chaves: Biologia Computacional. Heurística. Proteínas
Abstract:
The protein structure prediction problem using Hydrophobic-Polar model can be defined as follows: given a sequence of hydrophobic and polar amino acids, find a conformation with the largest number of hydrophobic contacts between topological neighbors. This problem belongs to the class of NP-complete problems and several approaches have been proposed. In this paper, we present a hybrid GRASP heuristic for the problem concerned. The problem is approached as a combinatorial optimization problem and a formulation is proposed. The heuristic was tested with multiple instances of references and the results show that the proposed method has similar performance to the other methods available in the literature. Key-words: Computacional Biology. Heuristic. Proteins
Tipo do Trabalho:
Dissertação
Referência:
Rabelo, Francisco Flávio de Assunção. HEURÍSTICA HÍBRIDA PARA O PROBLEMA DA
PREDIÇÃO DA ESTRUTURA DE PROTEÍNAS UTILIZANDO O MODELO HIDROFÓBICO-POLAR
. 2013. 63 f. Dissertação (Mestrado Acadêmico ou Profissional em 2013) - Universidade Estadual do Ceará, , 2013. Disponível em: Acesso em: 1 de maio de 2024
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