Identificação de variantes moleculares de Papilomavírus Humano (HPV) de alto risco oncogênico através de sequenciamento do gene L1 e utilização de um algoritmo genético SAG no diagnóstico viral
Autor(es):
Nascimento, Velber Xavier
Palavras Chaves:
Não informado
Ano de Publicação:
2011
Resumo:
O papilomavírus humano (HPV) é o principal agente causador da neoplasia intraepitelial cervical (NIC) e câncer. O carcinoma do colo do útero é o segundo câncer mais
comum entre mulheres no mundo, ocorrendo mais de 500.000 novos casos anualmente.
No Brasil, mais de 20.000 novos casos de câncer do colo do útero são detectados por
ano, e esta é a segunda neoplasia maligna mais comum. Os objetivos deste estudo
foram: caracterizar o HPV em mulheres com lesões pré-malignas e câncer do colo do
útero através de um método de PCR-RFLP; avaliar a variabilidade genética e fazer
análise filogenética da região L1 dos tipos HPV-16, -53 e -66 por bioinformática e
avaliar o desempenho de um algoritmo genético na genotipagem do HPV. Foram
analisadas 34 mulheres com neoplasia cervical, no qual o HPV 6b foi o genótipo mais
comum detectado nas lesões grau I (NIC I), embora outros tipos de alto risco como o
HPV 53, 31 e 16 também foram identificados em NIC I. Para a variabilidade genética
foram analisadas 24 seqüências de nucleotídeos do gene do capsídeo viral L1, do HPV16, -53 e -66, no qual foram identificados um variante de HPV-53 e um variante do
HPV-66. A reconstrução da árvore filogenética utilizando o método neighbour joining
confirmou o agrupamento característico entre o HPV-16, -53 e -66. Para genotipagem
do HPV através do algoritmo genético, foram testadas 18 amostras, 17/18 (94,4%)
foram confirmados pelo software, incluindo um caso de infecção mista. Oito diferentes
genótipos foram identificados, entre esses os tipos oncogênicos HPV-16 (três casos) e
HPV-18 (um caso). Os resultados reforçam a relevância clínica da genotipagem do
HPV, permitindo o acompanhamento e tratamento mais preciso de pacientes com risco
de desenvolver câncer cervical ou lesões. Para isso é necessário utilizar novas formas de
diagnóstico como, por exemplo, o aplicativo utilizado neste trabalho, em função da sua
grande sensibilidade e alto nível de confiabilidade com potencial para ser uma nova
ferramenta a ser utilizada. Além disso, o estudo de variantes moleculares de HPV é
essencial, uma vez que dados epidemiológicos e moleculares sugerem que variantes de
alguns tipos de HPV são biologicamente distintos e podem conferir risco patogênico
diferenciado.
Palavras-chave: Papilomavírus humano. Câncer cervical – Diagnóstico. Neoplasia
Cervical. Reação em Cadeia em Polimerase (PCR). Restrição por
tamanho de fragmento de polimorfismo (RFLP). Filogenia
molecular. Algoritmo genético.
Abstract:
Human papillomavirus (HPV) is the major causative agent of cervical intraepithelial neoplasia (CIN) and cancer. Cervical carcinoma is the second most common cancer among women worldwide, producing more than 500.000 new cases annually. In Brazil, more than 20.000 new cases of cervical cancer are detected every year, and this is the third most common malignant neoplasia. The aims of this study were to characterize HPV in women with premalignant lesions and cervical cancer using a PCR-RFLP method, to detect the occurrence of genetic variability and to perform a phylogenetic analysis in the region L1 of types HPV-53, -66 and -16 and finally to evaluate a genetic algorithm for genotyping HPV. We analyzed 34 women with cervical neoplasia, in which the HPV-6b was the most common genotype detected in grade I lesions (CIN I), although other high-risk types such as HPV-16, -53 and -66 were also identified in CIN I. The analysis of the genetic variability of nucleotide sequences of 24 viral capsid L1 gene of HPV-16, -53 and -66 identified a variant of both HPV-53 and of HPV-66. Reconstruction of the phylogenetic tree using the method neighbor joining trees confirmed the group existence of a specific between HPV-16, -53 and -66. In the analysis of samples with the genetic algorithm, the total of 18 samples, 17/18 (94.4%) were confirmed by the application of software, including a case of mixed infection. Eight different genotypes were identified including the oncogenic types HPV-16 (three cases) and HPV-18 (one case). The results reinforces the clinical relevance of HPV genotyping, allowing more accurate monitoring and treatment of patients with risk of developing cervical cancer or others types of lesions. Thus it is necessary to use new forms of diagnosis, e,g., the software tested in this work a it shows great sensitivity and a high level of reliability. Moreover, it is clear that the study of molecular variants of HPV is essential, since epidemiological and molecular data suggest that variants of some types of HPV are biologically distinct and may produce differential pathogenic risks. Key-words: Human papillomavirus. Cervical cancer – Diagnosis. Cervical neoplasia. Polymerase Chain Reaction (PCR). Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Molecular phylogeny. Genetic algorithm.
Tipo do Trabalho:
Tese
Referência:
Nascimento, Velber Xavier. Identificação de variantes moleculares de Papilomavírus Humano (HPV) de alto risco oncogênico através de sequenciamento do gene L1 e utilização de um algoritmo genético SAG no diagnóstico viral. 2011. 86 f. Tese (Doutorado em 2011) - Universidade Estadual do Ceará, , 2011. Disponível em: Acesso em: 5 de maio de 2024
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